Ergene havza koruma eylem planı kapsamında Tekirdağ (Malkara, Hayrabolu, Muratlı, Saray), Kırklareli (Babaeski, Pınarhisar) ve Edirne (Keşan)’da toplam 7 adet ileri biyolojik atıksu arıtma tesisleri inşaatı bitmiş ve devreye alınmıştır. Yapımı biten tesislerde 50.000 m³/gün atıksu arıtılarak Ergene Havzası'na deşarj edilmektedir.